La Direction générale de l’environnement (DGE) assure le suivi de la qualité des eaux des six lacs situés en territoire vaudois (lacs Brenet, de Bret, de Bretaye, des Chavonnes, de Joux et Lioson). Des conventions intercantonales ou internationales régissent la surveillance des lacs de Morat, de Neuchâtel et Léman.
Pour l’ensemble de ces plans d’eau, les dernières campagnes font état de résultats conformes à l’évolution de ces dernières années. D’une manière globale, la qualité des lacs vaudois s’est améliorée grâce aux efforts réalisés dans le domaine de l’assainissement des eaux.